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    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息

    發(fā)布時間: 2021-08-21  點擊次數(shù): 10878次

    說起 Pubmed 我們大家都不陌生,當(dāng)然,找文獻可都靠它呢。不過,這個美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的搜索引擎可不止能干這個。它只是NCBI Entrez整個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)中的一個。PubMed 界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接,其他的內(nèi)容還包括:DNA 與蛋白質(zhì)序列,基因圖數(shù)據(jù),3D 蛋白構(gòu)象,人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來查找所需要的基因信息。

    如何尋找基因信息 

    首先,打開 NCBI 網(wǎng)頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,選擇[gene],輸入您要的基因名稱(可簡寫),如 CCR9,搜索。


    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息


    然后,選擇種屬,如 homosapiens,點擊進入所需基因,下拉網(wǎng)頁,在"NCBI Reference sequence  (Refseq)"下方


    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息


    NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號,NM_001256369.1 就是異構(gòu)體B的 mRNA 序列號,而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應(yīng)的氨基酸序列號。同理, NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體A的mRNA和氨基酸序列號。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號染色體短臂(p)2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū)。

    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息

    點擊進入相應(yīng)頁面就會出現(xiàn)詳細的外顯子、編碼序列等信息。


    想要知道詳細信息的話,可以點擊 GenBank


    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息

    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息

    如果你只想獲得序列(例如去設(shè)計 PCR 引物的時候),那就可以選擇 FASTA,這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件,沒有其他數(shù)字和格式的干擾。


    如何選擇目前*的 mRNA 序號 

    在這推薦一個網(wǎng)站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/


    【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息

    輸入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便會出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面,點進去就能顯示公 認(rèn)的序列號和 DNA 序列。 



    這樣參照的序列號對了,設(shè)計引物、基因突變的命名及表述才是對的,發(fā)文章時才不會錯。 (基因突變命名也是一個系統(tǒng),可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻)。另外,這一網(wǎng)站 DNA 序列 中也提供了目前文獻報道的已知的突變位點和 SNP 位點。非常好用。


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