-
牙簽法小量制備質(zhì)粒DNA實驗
發(fā)布時間： 2021-12-24 點擊次數(shù)： 1937次原理
用牙簽從瓊脂培養(yǎng)基上挑取的菌落可直接用于制備質(zhì)粒 DNA。所得的閉合環(huán)狀 DNA 往往雜質(zhì)太多，不能作為大多數(shù)限制酶的底物。
材料與儀器
抗生素 溴酚藍溶液 EDTA 溴化乙錠 NSS 溶液 KCl 瓊脂糖凝膠
LB、YT 或 SOB 熱循環(huán)儀 木質(zhì)牙簽步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
(1) 用于篩選質(zhì)粒的抗生素
(2) 溴酚藍溶液（0.4%，m/V）或甲酚紅溶液（10 mmol/L）
(3) EDTA ( 0.5 mol/L，pH 8.0 )
(4) 溴化乙錠（10 mg/ml ) 或 SYBR Gold
(5) KCl ( 4 mol/L)
(6) NSS 溶液：0.2 mol/L NaOH，0.5% SDS，20% 蔗糖。
2. 凝膠
(1) 瓊脂糖凝膠（0.7%，5 mm 厚），用不含溴化乙錠的 Tris-乙酸鹽或 Tris-乙酸鹽緩沖液配制及電泳。
當質(zhì)粒大小只有很小的差別時，瓊脂糖凝膠電泳應(yīng)使用 Tris-硼酸鹽電泳緩沖液（TAE），因為它溶解不同大小超螺旋 DNA 的能力更強。否則應(yīng)使用 Tris-硼酸鹽-EDTA ( TBE）緩沖液，因為它有更強的緩沖能力。
(2) 瓊脂糖凝膠
3. 培養(yǎng)基
(1) LB、YT 或 SOB ( 用于培養(yǎng) E.coli 的高營養(yǎng)肉湯培養(yǎng)基）
(2) LB、YT 或含適當抗生素的 SOB 瓊脂平板
4. 專用設(shè)備
(1) 熱循環(huán)儀
(2) 調(diào)至 70℃ 的水浴
(3) 木質(zhì)牙簽
二、方法
1. 細胞的制備
(1) 在含適當抗生素的富養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基 ( LB、YT 或 SOB ) 上培養(yǎng)轉(zhuǎn)化了適當質(zhì)粒的菌落， 直到它們的直徑長至 2~3 mm ( 對于大多數(shù)菌株，需在 37℃ 下培養(yǎng)約 18 ~24 h )。
(2) 用無菌牙簽或一次性小環(huán)將細菌菌落的一小塊轉(zhuǎn)移到含適當抗生素的一條或一小塊瓊脂母板上，將該菌落的剩余部分轉(zhuǎn)移到已編號的微量離心管中，管內(nèi)含有 50 μl 無菌的 10 mmol/L EDTA ( pH 8.0 )。
除待實菌落外，還應(yīng)轉(zhuǎn)移幾個“空" 菌落（不含外源基因的質(zhì)粒載體）。這幾個樣品可在凝膠電泳中用做分子質(zhì)量標準參照物。
(3) 重復(fù)步驟 2，直到收獲預(yù)期數(shù)目的菌落。
(4) 當所有菌落都被復(fù)制和轉(zhuǎn)移之后，將母板在 37℃ 培養(yǎng)幾個小時后于 4℃ 保存，直到得到凝膠電泳結(jié)果。然后從母板上收獲其質(zhì)粒為預(yù)期大小的菌落。
(5) 在培養(yǎng)母板的時候，對細菌懸液進行以下的處理；在每一微量離心管中順序加入 20 μl 新配置的 NSS 溶液。蓋上管蓋，振蕩混勻 30 s。
(6) 將所有離心管轉(zhuǎn)移到 70℃ 熱水浴中放置 5 min，然后于室溫冷卻。
(7) 在各管中加入 1.5 μl 的 4 mol/L KCl 溶液，振蕩混勻 30 s。
(8) 將離心管在冰上放置 5 min。
(9) 在 4℃ 下以最大速度離心 3 min 以除去細菌碎片。
2. 質(zhì)粒的凝膠電泳分析
(1) 將上清依次轉(zhuǎn)移到潔凈離心管中。如果只用瓊脂糖凝膠電泳分析樣品，在每管中加入 0.4% 的溴酚藍溶液；如果既要用瓊脂糖電泳又要用 PCR 分析，則在樣品中加入 2 μl 10 mmol/L 甲粉紅。在 0.7% 的瓊脂糖凝膠（5 mm 厚）的加樣孔（5 mm 長，2.5 mm 寬）中加 50 μl 上清。
瓊脂糖凝膠不含溴化乙錠，且所用的緩沖液也不含溴化乙錠，因為這樣超螺旋 DNA 的遷移率比插入染料后更準確地反映其分子質(zhì)量。這就能更容易地區(qū)分不同大小的質(zhì)粒。
(2) 當溴酚藍遷移到膠的 2/3 或 3/4 處，或甲酚紅遷移到膠的一半時，室溫下將膠浸在溴化乙錠溶液（0.5 μg/ml 的水溶液）中染色 30~45 min。在紫外燈下觀察凝膠并拍照。
(3) 如果在 (1) 中使用甲酚紅，則宜用 PCR 方法分析上清 ( 用各樣品的剩余液作為模板 )。
甲酚紅（Merk Index 公司）在酸性溶液中是橙色到琥珀色的，pH 為 7.2 時是黃色的，在堿性溶液中是紅色的。與溴酚藍和二甲苯藍不同，甲酚紅不抑制 DNA 聚合酶（Taq 聚合酶，從嗜熱古細菌中提?。┑臒岱€(wěn)定性（Hoppe et al. 1992 )。因而，含甲酚紅的 DNA 溶液在大多數(shù)擴增反應(yīng)中可用。此染料在 2% 的瓊脂糖凝膠中的遷移位于在二甲苯藍和溴酚藍之間，大小大約相當于 300 bp ( Hoppe et al. 1992 )。在瓊脂糖凝膠電泳照片上，甲酚紅不會產(chǎn)生像溴化乙錠染色一樣的陰影。
(4) 將母板上可能含有重組子的菌落接種到含適當抗生素的 2 ml 液體培養(yǎng)基（LB、YT 或 SOB ) 中，進行小規(guī)模培養(yǎng)。
不需要等到母板上的菌落長到很大。細菌即使只是薄薄的一層，也足夠接種用。
(5) 用此小規(guī)模培養(yǎng)物小量制備待測的重組子質(zhì)粒。用酶切及瓊脂糖電泳分析質(zhì)粒 DNA，以確證其大小和結(jié)構(gòu)與預(yù)期一致。以上就是本期的內(nèi)容，更多資訊，歡迎點擊安培生物網(wǎng)站鏈接了解更多技術(shù)與產(chǎn)品資訊。
安培生物科技有限公司介紹：
安培生物堅持為生命科學(xué)研究、活體動物轉(zhuǎn)染、大規(guī)模生物生產(chǎn)、基因和細胞治療領(lǐng)域客戶，提供*細胞體內(nèi)可代謝的核酸轉(zhuǎn)染試劑；inviCELL™Platelet lysate無動物血清產(chǎn)品旨在支持廣泛的細胞擴增和生產(chǎn)，包括培養(yǎng)間充質(zhì)干細胞和多種免疫細胞系等，為制藥公司或者生物技術(shù)公司提供無血清細胞培養(yǎng)規(guī)模生產(chǎn)服務(wù)；提供以植物生物為平臺基因序列全人源化、*的細胞培養(yǎng)可分解3D基質(zhì)膠產(chǎn)品；提供內(nèi)毒素≦ 1.0 EU/mL、對細胞無毒性影響、高純度的一型膠原蛋白產(chǎn)品。安培生物專注為生物醫(yī)藥領(lǐng)域提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和技術(shù)服務(wù)，努力發(fā)展為基因治療、細胞治療的生物科技企業(yè)。
-
血清系列
-
細胞轉(zhuǎn)染
-
支原體清除
-
細胞凍存
-
實驗耗材
-
分子試劑
-
細胞增殖與凋亡
-
Biozellen系列
-
培養(yǎng)基
-
ELISA試劑盒
-
TOYOBO（東洋紡）
-
ZYMO RESEARCH
-
Greiner（格瑞納）
-
IKA（艾卡）
-
化學(xué)發(fā)光底物（ECL）
-
PROSPEC系列
-
Epigentek系列
-
微生物檢測
-
細胞生物學(xué)
-
Corning康寧
-
解離試劑
-
細胞類-實驗耗材
-
原代細胞
-
植物檢測系列試劑盒
-
SERANA
-
細胞系
-
生化試劑盒
-
環(huán)境檢測系列試劑盒（AKEN）
-
類器官培養(yǎng)
-
緩沖器和解決方案
-
生物三凝膠基質(zhì)
-
細胞因子分子
-
生物樣本庫
-
蛋白研究系列
